La limpieza y desinfección de un pozo consiste en su vaciado mediante el achique con bombas buzo, para luego bajar físicamente al pozo y eliminar todo el sedimento depositado en el fondo, el cual obstruye la veta del manantial.
Después de la retirada del material acumulado en el fondo, el pozo recupera más rápido su nivel de agua.
Para la desinfección se lavan las paredes del pozo y se rocían con cloro líquido, que trascurridos 30 minutos se achica de nuevo.